האר"י הקדוש נפטר בגיל צעיר ועד אז הספיק לפתוח את חכמת הקבלה. התלמיד הצעיר שכל הממסד הדתי דחה כמו שתמיד הממסד דוחה את המקובלים, את גדולי הרוח באמת ומאמץ את מי שחזק בפוליטיקה או בכסף.
דווקא האר"י שעבר חיים לא קלים הצליח להתבלט ולפרוץ דרך להשגת העולמות העליונים בחייו. הוא שלא כתב דבר בחייו בדומה לרבי שמעון בר יוחאי פתח את חכמת הקבלה לכל אדם ועשה מהפכה רוחנית גדולה עד שנפטר ממגפה.
ספרי האר"י כתובים בצורה שונה ובגישה אחרת שאינה מאפשרת למי שקורא אותם להסביר אותם בגשמיות כמו שעשו לספרי קודש דומים כמו התנ"ך או הזוהר אלא מחייבת אותם להבין שיש בחיינו עניין של השגה רוחנית שאו שהאדם משיג אותה או שלא.
גם על חייו של הבעל שם טוב לא ידוע רבות. הוא נולד להוריו רבי אלעזר והרבנית שרה בהיותם קשישים והיה בנם יחידם. הוריו נפטרו בהיותו בן חמש. כיתום אומץ על ידי הקהילה ולמד בחדר. ידוע שהסתובב ונדד בשדות וביערות באזור מגוריו. מתולדות חייו המוקדמים אפשר לנחש כי מכורח הנסיבות אימץ את בני הקהילה כמשפחתו המורחבת ואת הטבע, העצים, הפרחים והעשבים, הציפורים וחיות הבר שבשדות וביערות כמקורבי נפשו. גם בבגרותו, כאדם נשוי ובעל משפחה, היה מרבה לנדוד בהרי הקרפטים.
הבעל שם טוב חיפש את אלוהים והיה צדיק נסתר. הוא חיפש אותו בבני האדם בחיות היער בעשבים ובפרחי השדות, ושם אף מצאו. את אלוהים מצא בכל מקום ובכל מצב וזו אף הייתה הוראתו החשובה. על פי מקורות חסידיים התוודע ביערות לצדיקים נסתרים ומאחד מהם למד את תורת הנסתר, הקבלה. כמקובל, הדגיש את הדבקות עם הבורא והעלאת העולם כולו לשורשו העליון. פרט לשלוש אגרות המיוחסות לו לא כתב הבעל שם טוב דבר. תורתו נשתמרה בכוח חיותה ועיקריה הועלו על הכתב באמצעות תלמידיו. הוא ראה חשיבות רבה באותיות ובדיבור, ככלי להתגלות אלוהית. הוא לימד את תלמידיו להתעמק באותיות המרכיבות כל מילה, כל תיבה, כדי לחשוף את האלוקות המתגלה בהן.
באופן דומה, ומכיוון שהבורא מצוי בכל, לימד הבעל שם טוב לא לדחות "מחשבות זרות" העולות לאדם ולחשוף אף מתוכן את האלוקות, לזהות את היסוד, "הניצוץ" החיובי, האלהי, החבוי בכל מצב, ולהעלות אותו לשורשו.
האלוהים מצוי בכל, ולכן דרש את הפסוק "ומבשרך לא תתעלם", שאסור לו לאדם להתעלם מגופו, אלא עליו להעלות גם את הגוף לעבודת ה' ולעבוד את ה' מתוך הגשמיות. "עבודה בגשמיות", כוללת גם את עבודת ה' בתחום החולין – כגון בעת משא ומתן, שהרי "מלוא כל הארץ כבודו".
הבעל שם טוב הכיר ולימד את כוחה של המחשבה. האדם הוא תוצר מחשבתו. במה שהאדם חושב – שם כל האדם, והאמין בכוחה המרפא של השמחה, הפותחת שערי שמיים, וכמאמרו: "עצבות נועלת שערי שמיים, תפילה פותחת שערים נעולים, והשמחה בכוחה לשבר חומות."
הבעל שם טוב האמין באמונה פשוטה, בבני האדם הפשוטים. אף שברבות הימים נקבצו סביבו למדנים וגאונים שמר תמיד על יחס מיוחד וחם אל פשוטי העם וראה בהם מקור לגאולה. כאדם בוגר נודע כמרפא עממי, הילר, ומכאן אף כינויו, בעל שם. ברפואתו שילב גוף, נפש ורוח. מהיכרותו את הצמחים היה רוקח מהם מרפא אך היה גם צד רוחני חזק לרפואתו, בכוחותיו המיוחדים, באמונתו, בקמעות שנתן, בשמות הקדושים בהם השתמש ובהוראותיו.
ככל הידוע נפטר ביום א' של חג השבועות והוא בן שישים ואחת, לאחר שלקה בבטנו בחג הפסח. בליל חג השבועות התאספו לידו כל תלמידיו והיה אומר לפניהם דברי תורה. בבקר שלח לקרוא לאנשי ה"חברה קדישא" והורה להם כיצד להתעסק בקבורתו. לתלמיד שיצא להתפלל לשלומו אמר: "לחינם הוא מרעיש בתפילה אם היה יכול להיכנס באותו פתח שבו הייתי נכנס אנכי, היה פועל".
כוחותיו עזבוהו. משראה את תלמידיו מצטערים, אמר: "אין אני דואג לעצמי. כי יודע אני בבירור שאצא מפתח זה ואכנס בפתח אחר". כשקולו לא נשמע עוד, נשמעו רק שפתיו מרחשות את הפסוק: "אל תבואני רגל גאוה". אותה שעה בדיוק, הסתלק. תלמידו רבי לייב קסלר סיפר שראה את יציאת הנשמה "כמו שלהבת מראה תכלת" והעיד "שבשעת יציאת נשמתו זרחו פניו כבקבלת שבת עם קבלת ה"נשמה היתירה".